Смотря какая это труба, может быть и дымоход и вентиляция.
Если вентиляция, то в продаже есть вот такой дополнительный элемент ("вентиляционная труба ондулин"),
лист ондулина с трубой, Вам достаточно просто соединить его с вентиляцией, а лист ондулина крепится как обычно, 20-ь гвоздей на лист, крепление в верхний гребень волны.
Если речь о дымоходе, то конечно тут свои нюансы, ондулин это битум, то есть горячий материал.
При проходе металлической трубы через ондулин применяются специальные "проходки" (металлические).
Есть свои нюансы прохода после покрытия крыши ондулином и вовремя монтажа.
Сама металлическая труба одевается в специальный кожух внутри которого термоизоляция, вот на фото это хорошо видно.
Брус обрешётки должен быть удалён от наружной стены дымохода не менее чем на 10-ь см.
Для герметизации прохода на металлическую трубу монтируется вот такая манжета "Мастер-флеш"
(подбирается под диаметр металлической трубы), данный девайс (манжета кровельная) специально разработан для труб дымохода (при выборе учитывайте температурный диапозон, угол уклона кровли).
Крепить к ондулину (фланец манжеты) можно на битумную мастику.