В начале надо определиться какая эта труба (материал изготовления), какого сечения.
Далее определиться что это за труба, дымоход, или вентиляция, герметизируются они разными материалами.
Так же важно учитывать что за кровельный материал на крыше, есть свои нюансы.
Если размер трещин не большой, то можно просто их за герметизировать, в продаже есть кровельные герметики, есть и термостойкие для труб дымохода.
Очищаем поверхность места протечки, если надо обезжириваем и наносим герметик.
Если труба круглого сечения, то есть в продаже вот такие кровельные "проходки"
для герметизации.
Купите подобную с учётом диаметра трубы.
Подготовка:
Убрали раствор (если им заделывали примыкание), очистили место посадки проходки к кровельному материалу.
Смочили трубу мыльным раствором (или внутреннюю часть самой проходки, так она легче оденется)
Натянули проходку на трубу, нижняя часть проходки промазывается кровельным силиконом.
Всё, прижали к поверхности.
Далее для подстраховки, закрутили по периметру проходки кровельные саморезы, не всегда они нужны (чаще достаточно герметика), тут важно учитывать к какому кровельному материалу крепим проходку.
Если труба кирпичная, прямоугольная, то лучший вариант, это герметизирующая битумная лента.
Крепится и на трубу и к кровельному материалу.
Есть самоклеящиеся ленты.
Очистили поверхность, обезжирили.
Отрезали ленту по размеру, убрали защитную плёнку.
Прижали к поверхности.